数码显微镜物镜单元中还有一块可动光阑板，上有几个孔径不等(如205m ^-120pm)的光阑片，可供不同目的实验时选用。显微镜低反差样品可选用小孔光阑，厚样品和高分辨像工作(指相位衬度像)可采用较大孔的光阑，而进行电子衍射实验时必须撤出物镜光阑。通常样品放在物镜的前(即物方)焦点附近，而显微镜光阑位于物镜的后(即像方)焦面中。物镜的焦距很短仅为1mm左右，显微镜磁场又集中分布在缝隙很小的极靴处，因此保证样品支架、物镜可动光阑板以及极靴孔槽面的平行度尤为重要。

偏光显微镜往往中间镜工作于弱激励状态，而投影镜是强激励式的。因为显微镜的成像平面是固定的、观察图像用的荧光屏，所以在不同的放大模式中尽管各中间镜的电流可以有各种变动，但是它们最终所成的“像’，，也就是投影镜的“物”，应该位于光轴上的比较稳定的位置处。这样徕卡显微镜的物距变化不会太大。为保证其成像在固定的荧光屏上，投影镜的电流一般不必作太大的调整。从像差的角度来看，这几级中的电子束有效孔径角a己变得很小，故重要的只是畸变。这是因为经物镜放大后，这几级显微镜的“物”具有离轴高度(r)较大的特点。但是正如章所述，在设计中往往有意识在上、下透镜中令其交替出现“桶形”或“枕形”畸变并最终互相抵消。

在中间数码显微镜上方常插入一块选区光阑板，板上也有几个孔径不等(例如从几十Jim到上千5m)的光阑片。它的作用是在中间镜的“物”即物镜的“像")上选择一定的感兴趣区，以提供作电子衍射分析用。这种选区归根结底等效于在样品上选区。它是一种方便的偏光显微镜微区结构分析的方法。

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