调节好转凳的合适高度(如没有转凳，可用其他凳子代替)，使观察者坐下后可以舒适地进行观察，不必仲长脖子或过于弯曲背部，有利于减少疲劳，更不要站着观察。准备好记录本、描绘纸或实验报告纸、绸布、擦镜纸、镜头清净液或二甲苯、香柏浸油、玻片、标本、镊子、剪刀、刀)等用具和实验材料。为使用方便，二甲苯和香柏浸油可放在一个特制的双层玻瓶中，内层小瓶装浸油，外层大瓶贮二甲苯。如果室内光线不足或准备夜间工作，还需准备好人工照明光源。

普通显微镜大多为单筒式目镜，观察时应培养成两眼同时睁开观察的习惯，即用左眼观察目镜，以便右眼用来绘图或记录，如一眼睁，一眼闭，眼睛极易疲劳，无法久看。工作繁多时也可两眼轮换观察目镜，以减少疲劳。

奥林巴斯显微镜的合轴调整新购的或已经卸去光学系统的奥林巴斯显微镜，使用前必须安装光学系统。安装顺序为:目镜-物镜-聚光镜-反射镜。若颠倒上述安装顺序，容易使灰尘落入物镜的后透镜上，很难清除。插入目镜时不能用力塞，利用目镜本身的重量自然下滑至固定位置即可，再旋入物镜。安装物镜时，应先将镜筒升高，使转换器与载物台之间保持充分的距离，然后用右手三指握住物镜，将不同倍率的物镜按低倍‘中倍*高倍*油镜的顺序，再按顺时针方向分别旋入物镜转换器的螺孔内，旋至中等程度松紧即可。在物镜未旋入螺纹之前，切勿松手，以免掉下损坏。同时，在旋转物镶转换器时，不能用手推着物镜旋转，这样虽然着力方便，但日久容易引起物镜光轴歪斜。正确的方法应是用手捏着转换器的旋转盘旋转，或用手指扶着物镜与转换器衔接处的滚花外圆旋转。装好目镜和物镜后，再将聚光器插入载物台下面的聚光器支架内。插入的高度以聚光器升至处时，聚光镜前透镜的端面稍低于载物台平面为准，以免载玻片与聚光器的镜头相碰，然后将聚光器的固定螺丝旋紧。最后把反射镜插入聚光器下面的安装孔内。